Jaký je genom klopušky Nesidiocoris tenuis, Jekylla a Hydea mezi plošticemi?
Klopuška Nesidiocoris tenuis je pozoruhodná ploštice. Ráda si pochutnává na molicích, což jsou nebezpeční škůdci řady druhů plodin. A nepohrdne ani mnoha dalšími škodlivými druhy, od mšic a svilušek až po larvy motýlů. V řadě oblastí světa, například ve Středomoří, ve Španělsku nebo v Číně se tyto klopušky využívají k biologické kontrole škůdců rajčat i dalších plodin, ve sklenících i na polích. Problém je v tom, že tyto klopušky nejsou jen dravé. Jsou totiž ve skutečnosti zoofytofágní. Když jim dojde živá kořist, tak se mohou „přepnout“ do býložravé nálady a pustí se do rostlin, které původně měly chránit. Proto se na tento druh klopušky soustředí pozornost odborníků rozmanitého zaměření. Zároveň toho o nich stále mnoho nevíme, například na úrovni jejich genetiky, genomu či transkriptomu.
Sander Visser z Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, Biologického centra AV a jeho spolupracovníci se podíleli na přečtení genomu tohoto zajímavého druhu hmyzu. Sekvencovali přitom genom jedné dospělé samice těchto klopušek. Výsledkem jejich úsilí je anotovaný genom o velikosti 355 Mbp. Z takto získaného genomu badatelé odstranili bakteriální kontaminace.
Přečtený genom klopušky Nesidiocoris tenuis tvoří celkem 24 688 genů. Autoři studie rovněž porovnali proteiny této klopušky s dalšími plošticemi, u nichž jsme prozkoumali genom – se štěnicí domácí (Cimex lectularius), kněžicí mramorovanou (Halyomorpha halys), a také se mšicí kyjatkou hrachovou (Acyrthosiphon pisum). V rámci výzkumu také vizualizovali genom pomocí různých cytogenetických metod, včetně karyotypingu, CGH nebo FISH. Z jejich výsledků například vyplývá, že genom zmíněné klopušky by měl mít podobu 2n = 32. Jde o jeden z prvních získaných genomů klopušek a je to úplně první genom klopušky, která se využívá při biologické kontrole škůdců. Přečtení genomu otevírá široké možnosti dalšího výzkumu i praktických aplikací.
Kontakt: MSc. Sander Visser (sander.visser at entu.cas.cz)
