Jaký je genom klopušky Nesidiocoris tenuis, Jekylla a Hydea mezi plošticemi?

Klopuška Nesidiocoris tenuis je pozoruhodná ploštice. Ráda si pochutnává na molicích, což jsou nebezpeční škůdci řady druhů plodin. A nepohrdne ani mnoha dalšími škodlivými druhy, od mšic a svilušek až po larvy motýlů. V řadě oblastí světa, například ve Středomoří, ve Španělsku nebo v Číně se tyto klopušky využívají k biologické kontrole škůdců rajčat i dalších plodin, ve sklenících i na polích. Problém je v tom, že tyto klopušky nejsou jen dravé. Jsou totiž ve skutečnosti zoofytofágní. Když jim dojde živá kořist, tak se mohou „přepnout“ do býložravé nálady a pustí se do rostlin, které původně měly chránit. Proto se na tento druh klopušky soustředí pozornost odborníků rozmanitého zaměření. Zároveň toho o nich stále mnoho nevíme, například na úrovni jejich genetiky, genomu či transkriptomu. 

Sander Visser z Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, Biologického centra AV a jeho spolupracovníci se podíleli na přečtení genomu tohoto zajímavého druhu hmyzu. Sekvencovali přitom genom jedné dospělé samice těchto klopušek. Výsledkem jejich úsilí je anotovaný genom o velikosti 355 Mbp. Z takto získaného genomu badatelé odstranili bakteriální kontaminace. 

Přečtený genom klopušky Nesidiocoris tenuis tvoří celkem 24 688 genů. Autoři studie rovněž porovnali proteiny této klopušky s dalšími plošticemi, u nichž jsme prozkoumali genom – se štěnicí domácí (Cimex lectularius), kněžicí mramorovanou (Halyomorpha halys), a také se mšicí kyjatkou hrachovou (Acyrthosiphon pisum). V rámci výzkumu také vizualizovali genom pomocí různých cytogenetických metod, včetně karyotypingu, CGH nebo FISH. Z jejich výsledků například vyplývá, že genom zmíněné klopušky by měl mít podobu 2n = 32. Jde o jeden z prvních získaných genomů klopušek a je to úplně první genom klopušky, která se využívá při biologické kontrole škůdců. Přečtení genomu otevírá široké možnosti dalšího výzkumu i praktických aplikací. 

 

Ferguson, K. B., Visser, S., Dalíková, M., Provazníková, I., Urbaneja, A., Perez-Hedo, M., Marec, F., Werren, J. H., Zwaan, B. J., Pannebakker, B. A., Verhulst, E. C. 2020. Jekyll or Hyde? The genome (and more) of Nesidiocoris tenuis, a zoophytophagous predatory bug that is both a biological control agent and a pest. Insect Molecular Biology online (december 2020).

Kontakt: MSc. Sander Visser (sander.visser at entu.cas.cz)


O přírodovědě.cz

Edukačně-popularizační portál Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích určený pro středoškoláky, jejich vyučující, ale i veřejnost. Představujeme zde naše aktivity, výzkumy a objevy.