Jaká je satelitní DNA v chromozomech bobu obecného?
Řetězce DNA jsou v jádru eukaryotních buněk uspořádány v podobě chromozomů. Tvar chromozomů se mění během životního cyklu buňky. Asi nejznámější jsou chromozomy po replikaci DNA, v buňkách procházejících metafází a anafází během buněčného dělení, mitózy. Mají tvar písmene X, který tvoří dvě podélné chromatidy, propojené takzvanou centromerou. Sekvence centromery neobsahuje genetickou informaci a je obvykle bohatá na repetitivní sekvence satelitní DNA, v nichž se mnohokrát opakují krátké motivy sekvence DNA. Satelitní DNA se přitom může vyskytovat i jinde v genomu příslušného organismu.
Satelitní DNA u rostlin v řadě případů tvoří podstatnou část genomu. Její výzkum je ale komplikovaný kvůli různým metodologickým problémům. Laura Avila Robledillo z Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích a Biologického centra AV ČR společně s dalšími kolegy prozkoumala genom bobu obecného, což je nejen plodina, ale také oblíbený modelový druh pro studium cytogenetiky u rostlin. Badatelé v genomu bobu objevili řadu typů sekvencí satelitní DNA, z nichž většina nebyla doposud známá.
Během výzkumu použili pokročilé technologie pro čtení sekvencí DNA a rovněž pro následné zpracování získaných sekvencí. Díky nim odhalili celkem 23 doposud neznámých sekvencí satelitní DNA, které mohou tvořit až téměř 3 procenta genomu bobu, a zmapovali jejich polohu na chromozomech bobu. Jejich výsledky ukazují, že v genomu bobu jsou nejen sekvence satelitní DNA, v nichž se opakují motivy o délce pár stovek bází, ale také velký počet sekvencí satelitní DNA, v níž se opakují neobvykle dlouhé motivy o délce cca 700 až 2 000 bází. Vědci rovněž zjistili, že chromozomy bobu mají výjimečně variabilní satelitní DNA, ve které se objevuje 7 různých repetitivních sekvencí. Jejich uspořádání je charakteristické pro jednotlivé chromozomy.
Kontakt: Laura Avila Robledillo (robledillo at umbr.cas.cz)
